為了探明日本列島一系列的異常地殼運動情況，地球物理學者田所雄介博士（小林桂樹 飾）與助手幸長信彥（瀧田裕介 飾）乘坐小野寺俊夫（藤岡弘 飾）駕駛的潛艇出海考察。在小笠原群島附近的海溝處，海底莫名其妙的